Teniendo lugar un año antes de la llegada de los Zentraedi a la Tierra, Macross Zero narra los últimos días de la guerra entre la ONU Spacy y anti-ONU. facciones. Después de ser derribado por el avión de combate más nuevo de la anti-ONU, el piloto as Shin Kudo se encuentra en la remota isla de Mayan, donde la tecnología es casi inexistente. Mientras Shin permanece en la isla para curar sus heridas, la tranquilidad de la isla se ve destrozada por una batalla que involucra al luchador más nuevo de la ONU: el VF-0.