El archienemigo de Sonic, el Dr. Robotnik, ha sido desterrado de la Tierra de la Oscuridad por un malvado Robotnik metálico. Y, por si fuera poco, el astuto doctor le revela a Sonic que el Generador de Robots ha sido saboteado y que hará saltar el Planeta Libertad por los aires. ¿Qué podría llevar a Sonic a confiar en su peor enemigo?