La historia de acción y combates de ciencia ficción está protagonizada por los Hundred, las únicas armas que pueden enfrentarse a las misteriosas formas de vida llamadas Savage que atacan la Tierra. para convertirse en un Maestro de las Artes Militares entrenado en el uso de los Hundred, el protagonista, Hayato Kisaragi, se une a la ciudad-barco academia Little Garden. Allí se encuentra con una chica llamada Emil Crossford que afirma que estaba deseando verle y con quien compartirá cuarto, además de que parece que le conoce de alguna parte. Por si no tenía suficiente, recibe un reto de la “Reina”, la más poderosa estudiante, Claire Harvey.