Hace treinta años, un extraño fenómeno llamado Terremoto Espacial devastó el centro de Eurasia, llevándose consigo la vida de más de 150 millones de personas. Desde entonces, menores terremotos espaciales se han ido manifestando alrededor del mundo. Shidou Itsuka, un estudiante de secundaria aparentemente normal se encuentra con una chica en el epicentro de un terremoto espacial y es informado por su hermana Kotori que esta chica es uno de los espíritus que, al hacer acto de presencia en el mundo, son causantes de dichos terremotos espaciales. También se entera de que su hermana es la capitana de la nave Ratatoskr y quien lo recluta con el fin de hacer uso de su misteriosa habilidad para sellar los poderes de los espíritus y evitar que se vuelvan una amenaza para la humanidad. Sin embargo, hay un inconveniente: para sellar los poderes de un Espíritu, Shido deberá hacer que éste se enamore de él.