Nach einem globalen Finanzkollaps verdingen sich die ehemaligen Mitglieder der Spezialeinheit Sektion 9 – darunter die gewiefte Kommandantin Motoko Kusanagi, ihr vertrauter Kampfgefährte Batou und der Familienvater Togusa – als Söldner in Nordamerika. Als eine neuartige, hochgefährliche Bedrohung durch cybernetisch veränderte Wesen namens „Post-Humans“ auftaucht, wird die Truppe von der japanischen Regierung reaktiviert, um die weltweite Lage zu untersuchen. Bei ihren Ermittlungen geraten die Agenten rasch in ein dichtes Netz aus geopolitischen Verschwörungen, Hightech-Spionage und neuartigen Technologien, die das menschliche Bewusstsein manipulieren.