В городе, где наука давно вытеснила оккультное, школьник Камидзё Тома встречает Индекс — девушку, хранящую сто три тысячи запрещённых магических книг. Отныне ему предстоит балансировать между двумя мирами, раскрыть тайны истинного мироустройства и узнать правду о собственной правой руке — и как-то при этом закончить старшую школу.