Каждый эпизод «Мононокэ» развивается по одному и тому же принципу — Аптекарь оказывается в месте, где обитает мононокэ (разгневанный дух), и постепенно узнает его форму, сущность и желание, которые тесно связаны с окружающими Аптекаря людьми. После этого мононокэ можно освободить. Как правило мононокэ становился ещё при жизни жертвой страшной алчности и жестокости людей, а после обращения (смерти) стремился отомстить обидчикам. Сам Аптекарь ставит перед собой задачу уничтожить мононокэ. Аптекарь не является человеком, но при этом никогда не говорит, кто он такой, называя себя «простым аптекарем».