Nabari no Ou se passa no Japão moderno, contando a saga de um grupo de ninjas. A história gira em torno de Miharu Rokujou, um garoto comum, pouco interessado pelo mundo que o cerca. Por esse motivo, ele procura levar a vida no seu próprio ritmo. Entretanto, devido a uma desconhecida técnica de batalha chamada de Shinra Banshou, o cotidiano do jovem não será nada tranquilo. Por algum motivo misterioso, essa poderosa habilidade está presa dentro do corpo de Miharu, e além da força incontestável, o Shinra Banshou é visado pela maioria dos ninjas existentes.