2029, Japonia, bliska przyszłość. W pełni scyborgizowana Motoko Kusanagi chce utworzenia jednostki prewencyjnie neutralizującej zagrożenia. Daisuke Aramaki urzeczywistnia tę koncepcję, powołując Sekcję 9 Wydziału Bezpieczeństwa złożoną z Kusanagi i jej zespołu. Trop globalnego spisku prowadzi do hakera - Władcy Marionetek. Co czeka Kusanagi? Jaki jest cel hakera? Oto nowa era cyberpunkowej akcji!