Alienoid rozgrywa się w dwóch przestrzeniach czasowych. Współcześnie, gdy ludzie polują na więźnia z kosmosu zamkniętego w ludzkim ciele oraz pod koniec dynastii Goryeo, w której Gurus próbuje dostać w swoje ręce tajemniczy święty miecz. Gdy otwiera się portal do podróży w czasie, obie grupy bohaterów się spotykają. 10 lat wcześniej grupa skazanych przestępców z kosmosu zostaje wysłana na Ziemię, ale jednemu z bohaterów udaje się ich zamknąć w ludzkich mózgach. Po jakimś czasie ich szef zwany architektem uwalnia się z więzienia, więc postacie ruszają w pościg. Portal do podróży w czasie natomiast powstaje w wyniku nieoczekiwanego starcia pozaziemskich sił.