La storia si svolge nel pianeta Seibetron, nuova sede della guerra tra Cybertrons e Destrons, per il controllo dei microns, dei mini Transformers che si possono unire con quelli più grandi per dargli immensurabili poteri. Realizzando di essere la causa della guerra, i microns vengono mandati nello spazio profondo dai Cybertrons, mentre i Destrons vanno alla caccia dello shuttle che li ospita. La navicella riesce a fuggire ma fa un atterraggio di fortuna sulla terra, dove rimangono nascosti per quattro milioni di anni, fino a quando 3 ragazzini attivano per sbaglio la navicella che manda segnali a entrambe le fazioni. La guerra tra Cybertrons e Destrons ricomincia sulla terra per il controllo dei microns, mentre vengono rivelati diversi misteri dell'universo tra cui la forza oscura, Unicron.