Improvvisamente tramutata in pietra da un bagliore misterioso, l'umanità rimane pietrificata per oltre tremila anni. Risvegliatosi in un mondo regredito allo stato naturale, il prodigioso scienziato Senku Ishigami decide di ricostruire la civiltà tecnologica da zero grazie alla forza della scienza. Affiancato dall'amico Taiju, Senku dovrà però scontrarsi con chi desidera instaurare un nuovo ordine basato sulla forza bruta.