A.D. 2089 - Sono passati 80 anni da quando la Prima Guerra Spaziale ha cambiato la vita degli umani e degli Zentraedi. Entrambe le razze sono in pace sulla Terra quando una nuova razza aliena chiamata "Marduk" appare nel sistema solare. Mentre copre la prima battaglia tra l'U.N. Spacy e la flotta Marduk, la reporter esordiente della SNN Hibiki Kanzaki scopre Ishtar, un "emulatore" che migliora le capacità di combattimento dei Marduk attraverso il canto. Hibiki porta Ishtar sulla Terra per insegnarle i valori della vita e della cultura. Insieme all'asso della Valchiria Silvie Gena, Hibiki e Ishtar devono trovare un modo per salvare la Terra dalla distruzione totale per mano del leader dei Marduk Ingues.