Nel mondo delle Skylands, Spyro, Stealth Elf ed Eruptor sono i nuovi studenti all'Accademia degli Skylanders. Sotto gli insegnamenti del potente e saggio Padron Eon, i tre impareranno cosa significa essere uno Skylander, circondandosi di nuovi amici e alleati e sconfiggendo il terribile e infido stregone Kaos e altri malvagi avversari (tra cui Malefor) che vogliono far sprofondare le Skylands nell'oscurità.