Le vicende di Delta si collocano nell'anno 2067, otto anni dopo le vicende di Macross Frontier, su un pianeta ai confini della galassia sotto la minaccia di una non meglio identificata "Sindrome di Var" avente qualche legame con "l'eredità della Protocultura" (l'antica civiltà scomparsa, che nell'universo di Macross abitava la Galassia ai suoi albori). Qui avviene l'incontro tra Freyja Wion, una ragazza del pianeta Windermerian fuggita di casa sperando di poter unirsi al gruppo delle Walküre, dive che cercano di contrastare la Sindrome di Var attraverso le loro canzoni, e Hayate Immelmann, un ragazzo libero come il vento che viaggia di pianeta in pianeta...