È l'autunno del 1937, e lo spettro della Seconda Guerra Mondiale si affaccia all'orizzonte. Il tenente colonnello Yuuki, dell'Esercito Imperiale, fonda un'organizzazione segreta di formazione spie, che chiama "Agenzia-D". I suoi membri non sono stati formati per diventare soldati, ma vengono reclutati dai laureati di università civili, tramite massacranti esami di selezione. Sotto la guida capace del tenente colonnello Yuuki, impareranno a destreggiarsi fra armi da fuoco, sistemi di comunicazione, veicoli e aeroplani, acquisendo anche molte altre capacità indispensabili per una spia...