Yato è un dio minore e dimenticato che, per soli cinque yen, esegue qualsiasi incarico sperando di accumulare abbastanza denaro da erigersi un tempio. La sua esistenza cambia quando la studente Hiyori Iki, tentando di salvarlo da un incidente, si trasforma in un'emianima il cui spirito si stacca dal corpo. Insieme allo Shinki Yukine, i due combatteranno i mostruosi Ayakashi.