Tsubasa Kazanari e Kanade Amō, una famosa coppia di idol chiamata Zwei Wing, combattono segretamente una razza aliena nota come Noise usando le cosiddette armature Symphogear. Un giorno però Kanade, per proteggere una ragazza di nome Hibiki Tachibana, ferita gravemente da un Noise proprio mentre assisteva ad un concerto delle Zwei Wing, è costretta a sacrificare se stessa. Due anni dopo, mentre Tsubasa continua ad affrontare i Noise da sola, Hibiki, ora studentessa dell'Accademia privata di musica Lydian, scopre di aver ereditato involontariamente il potere di Kanade.