In questa serie Shaggy e Scooby-Doo, trasferiti in una magione ereditata dal ricco zio di Shaggy, Albert Shaggleford, dovranno salvare il mondo dal malvagio Dr. Phineas Phibes. Stavolta il duo sfrutterà degli speciali superpoteri ottenuti mangiando Scooby Snacks modificati tramite nanotecnologie.