Nel 2059, l'umanità viaggia nello spazio profondo a bordo della flotta coloniale Macross Frontier. L'arrivo della celebre cantante Sheryl Nome viene improvvisamente sconvolto dall'attacco di un'ostile razza aliena insettiforme. Nel caos dell'invasione, il giovane pilota Alto Saotome e l'aspirante idol Ranka Lee si ritroveranno coinvolti in una guerra totale in cui la musica e il destino dell'umanità si intrecciano indissolubilmente.