Un team di scienziati viaggia a bordo della Calico, una nave da ricerca su aliscafo, guidata dal capitano Carl Majors. Il resto dell'equipaggio comprende la scienziata Dr. Quinn Darien, suo nipote Pete Darien e il suo assistente di ricerca Brock Borden. A questi si aggiunge Godzooky, il "nipote codardo" di Godzilla e il migliore amico di Pete. Il gruppo spesso invoca Godzilla utilizzando uno speciale segnalatore quando si trova in pericolo, come nel caso di attacchi da parte di altri mostri giganti.