Shining Hearts è ambientato in un mondo fantastico occupato in larga parte da un grande oceano costellato da varie isole. In seguito a una violenta tempesta, una ragazza di nome Kaguya fa naufragio sull’isola di Wyndaria. Misteriosamente priva di memoria o emozioni, la ragazza vaga per l’isola finché incontra Rick uno spadaccino che quando non impegnato in qualche avventura lavora abitualmente alla panetteria locale. Dopo poco tempo però nugoli di pirati approdano sull’isola puntando una strana pietra che Kaguya porta come ciondolo. Deciso a svelare il mistero, Rick parte assieme alle sue aiutanti Neris, Amil ed Airy, per indagare sulla faccenda e aiutare Kaguya a recuperare i suoi ricordi.