La loro storia inizia milioni di anni fa, quando sulla Terra non si è ancora sviluppata la vita umana. Su Cybertron, invece, infuria da tempo immemorabile una brutale guerra tecnologica tra le due fazioni, che vede gli Autobots combattere per la propria sopravvivenza. Dopo milioni di anni la guerra sta volgendo al termine in favore dei Decepticons, forti della loro ferocia e della loro superiorità tecnologica e militare. Gli Autobots vivono nascosti, limitandosi alla guerriglia, mentre ormai quasi tutto il pianeta (ad eccezione di I. A. Con, quartier generale cybertroniano degli Autobots) è nelle mani dei malvagi Decepticons.