Nel Giappone conquistato dal Sacro Impero di Britannia e rinominato Area 11, il giovane principe esiliato Lelouch Lamperouge medita vendetta contro la patria d'origine per proteggere la sorella invalidata Nunnally. Ottenuto dalla misteriosa C.C. il Geass, un potere d'obbedienza assoluta, Lelouch assume l'identità del mascherato Zero. Metterà la sua genialità tattica a capo della resistenza per abbattere l'impero.