Giappone, 2029. La cyborg Motoko Kusanagi è a capo di una task force specializzata nella neutralizzazione di minacce emergenti. Notata da Daisuke Aramaki della Sicurezza Pubblica, viene reclutata per guidare la Sezione 9, "la Squadra corazzata". Una cospirazione internazionale si muove nell'ombra, orchestrata dal misterioso hacker "il Marionettista". L'alba di una nuova era del genere cyberpunk.