In seguito alla seconda guerra mondiale, l'organizzazione segreta dei ninja in Giappone si è evoluta fino a contare migliaia di agenti mimetizzati nella società moderna. Il diciassettenne Kurō Kumogakure è un giovane shinobi emarginato e nullafacente che trascorre le giornate nell'ozio quotidiano. La sua vita monotona cambia quando riceve finalmente un'importante missione di infiltrazione in un liceo locale.