Durante un violento scontro con il Dottor Eggman, la distruzione accidentale del Prisma del Paradosso frantuma l'universo di Sonic. Il riccio blu si ritrova così a viaggiare attraverso il Shatterverse, un insieme di dimensioni parallele abitate da bizzarre versioni alternative dei suoi storici amici. Per salvare la realtà, Sonic dovrà riunire i frammenti del cristallo e ritrovare i suoi compagni.