Nel 2030 una divisione speciale della polizia giapponese, la sezione nove, affronta casi legati alle tecnologie robotiche, mediche e informatiche, che hanno conosciuto uno sviluppo e una convergenza senza precedenti nella prima metà del XXI secolo. Potenziamenti, cervelli ed interi corpi artificiali estendono le capacità fisiche umane e riducono la comunicazione al pensiero, ma sono al contempo usati per azioni spionistiche, terroristiche e dimostrative, in cui i mass media sono usati come un palcoscenico in cui si riducono i crimini a prodotto, e i criminali in eroi. Nello svolgersi dei 26 episodi, si svolge la losca ed intricata vicenda di un abilissimo hacker, il "Laughing Man" alle prese con rapimenti, informazioni segrete riguardanti le cure per la sclerosi del cervello artificiale, squadre armate e politici corrotti. Alcuni episodi non vi fanno proprio riferimento, o ve ne fanno in modo molto superficiale, e si concentrano su storie svincolate o sull'approfondimento delle caratteristiche e della storia dei vari personaggi, soprattutto Motoko, Batou, Togusa e Aramaki.