Dopo l'improvvisa e misteriosa scomparsa della Justice League, Lois Lane e Jimmy Olson indagano nella Sala della giustizia ma vengono cacciati da un fantasma. Chiedono aiuto agli esperti della Mystery Incorporated, che faticano a raggiungerli a causa della massa di supercriminali che ha invaso Metropolis. Una volta arrivati alla Sala della giustizia, la banda incontra Lex Luthor, il auo cane Rex e Mercy Graves. La Mystery Incorporated decide allora di allearsi con il super-cane Krypto per indagare sulla scomparsa della Justice League.