Le super-héros Captain Atomic subit un revers lorsqu'il serre la main de Joey, un fan de 12 ans : son acolyte, furieux, le transforme en marionnette impuissante. Le super-héros, désormais déchu, comprend vite que le seul moyen de retrouver ses pouvoirs est de faire équipe avec le garçon – un rêve qui se réalise pour Joey, mais beaucoup moins pour Captain Atomic. Ensemble, ils forment un duo improbable et maladroit qui devient le nouveau duo de super-héros de la ville : Atomic Puppet.