2029, un Japon du futur proche. Le cyborg Motoko Kusanagi envisage une unité de lutte contre les menaces émergentes. Daisuke Aramaki recrute son équipe et forme la Section 9 de la Sécurité publique, alias l'« Unité spéciale ». Un complot se dessine et un hacker émerge : le « Marionnettiste ». Que réserve l'avenir à Kusanagi ? Que veut ce hacker ? Une nouvelle ère d'action cyberpunk commence !