»Gibiate« handelt in Japan des Jahres 2030, wo sich ein neuartiges Virus mit dem Namen Gibia in der Welt verbreitet und die Menschheit infiziert hat. Das Virus bewirkt eine Verwandlung der Menschen in verschiedene als Gibias bezeichnete Monster, die sich abhängig von den individuellen Merkmalen des Menschen, wie Alter oder Geschlecht, entwickeln. Ein zeitreisender Samurai und ein Ninja aus der Edo-Periode treffen eines Tages in der Einöde des verseuchten Japans ein. Gemeinsam mit einem Arzt suchen sie nach einem Heilmittel und müssen sich dabei sowohl gegen die Infizierten als auch gegen Gesetzlose behaupten, die auf der Suche nach etwas Nahrung ohne Skrupel vorgehen. Es beginnt eine gefährliche Reise, die überall tödliche Gefahren bereithält.