»Ninku« kombiniert Karate- und Ninja-Techniken und ist eine derart starke Kampfkunst, dass angeblich niemand einen Meister des Ninkus mit anderen Mitteln besiegen kann. Dennoch gelang es einer Gruppe von Rebellen nicht, die kaiserliche Armee mit ihren Ninku-Techniken zu besiegen und obwohl die Kaiserlichen schwere Verluste hinnehmen mussten, gingen sie im großen Krieg letztendlich als Sieger hervor. Nun wird die Welt von Tyrannen regiert, die die Kunst des Ninkuus verachten und kriminalisieren. Fuusuke, der zwar aussieht wie ein Kind, insgeheim aber der Anführer der ersten Ninku-Division ist, möchte das nicht hinnehmen. Auf der Suche nach seiner Mutter, die im Krieg verschleppt wurde, kämpft er Seite an Seite mit ehemaligen Ninku-Kommandeuren gegen die kaiserliche Armee. Doch ob sie diese traurige Welt retten können, ist mehr als ungewiss …