Mehrere tausend Jahre, nachdem die Menschheit durch ein mysteriöses Phänomen versteinert wurde, erwacht der außergewöhnlich intelligente und von der Wissenschaft begeisterte Senku Ishigami aus seinem Schlaf. Mit nichts außer Steinen und einer zusammengebrochenen Zivilisation um ihn herum fasst Senku den Entschluss, die Welt mithilfe von Wissenschaft wieder aufzubauen. Zusammen mit seinem muskelbepacktem Kindheitsfreund Taiju Oki, der kurz nach ihm erwacht, wollen sie die Gesellschaft aus dem Nichts neu errichten ...