Die Menschheit wurde durch magische, gepanzerte Insekten vom Land vertrieben und lebt nun in fliegenden Städten. Dadurch entstanden Wizards, fliegende Kampf-Magier, welche die Insekten mit magischen Kräften bekämpfen. Kanata Age ist ein junger Mann, der in der schwebenden Wizard-Akademie-Stadt Misutogan lebt. Einst wurde er als Black Master Swordsman, das Elite-Ass des Spezialteams S128 gefeiert, doch nun verachtet man ihn als Verräter. Eines Tages wird er dem Team E601, welches zehn aufeinanderfolgende Niederlagen erlitten hat, als Ausbilder zugewiesen. E601 besteht aus den drei Mädchen Misora Whitale, Lecty Eisenach und Rico Flamel, die allerdings die eine oder andere merkwürdige Eigenart besitzen.