Nach dem misslungenen Versuch, ihre verstorbene Mutter mithilfe verbotener Alchemie wiederzubeleben, verliert Edward seinen Arm sowie ein Bein, während der Körper seines jüngeren Bruders Alphonse vollständig an eine Rüstung gebunden wird. Um den legendären Stein der Weisen zu finden und ihre ursprünglichen Körper zurückzugewinnen, tritt Edward als jüngster Staatsalchemist dem Militär bei. Auf ihrer gemeinsamen Reise stoßen die Elric-Brüder jedoch rasch auf eine düstere Verschwörung und geheimnisvolle Wesen, die das gesamte Königreich bedrohen.