Falling Skies erzählt die Geschichte einer Invasion von Außerirdischen (Skitter und Mechs genannt) und folgt einer Gruppe von Überlebenden. Im Laufe der Invasion haben die Außerirdischen die Menschheit stark dezimiert und zu Sklaven umfunktioniert. Ziel der Aufklärungsgruppe rund um den Militärhistoriker und Vizebefehlshaber der Widerstandszelle "Die Zweite Massachusetts" Tom Mason ist das Sammeln von Informationen und vor allem das In-Erfahrung-Bringen der Pläne der Außerirdischen.