Ende des 19. Jahrhunderts sieht sich die Menschheit einer schon fast apokalyptischen Gefahr ausgesetzt. Akuma, vom Millenium-Grafen aus den Seelen toter Menschen erschaffene Maschinen, drohen alles Leben auszulöschen und normale Menschen sind nicht in der Lage, etwas gegen sie auszurichten. Die Einzigen, die die Akuma bekämpfen können, sind sogenannten Exorzisten des schwarzen Ordens, deren Waffen mit einer göttlichen Kraft namens Innocence betrieben werden. Einer dieser Exorzisten ist Allen Walker, der sich nach seiner Ausbildung gerade auf dem Weg zum Hauptquartier des schwarzen Ordens befindet - ohne zu wissen, welche entscheidende Rolle er im Kampf gegen die Akuma bald spielen wird.