Shining Tears X Wind spielt auf dem Traumkontinent Weltenende, der eine Art andere Dimension ist. Der Anime beginnt jedoch in unserer Welt. Der Schülerrat der St. Ruminus Academy untersucht das Verschwinden eines Schülers aus dem ersten Jahrgang. Nachdem der Präsident des Rates Saionji und seine Assistentin Hiruda auf ein Buch gestoßen sind, das von einer anderen Welt berichtet, fehlt auch von ihnen jede Spur. Die anderen Schülerratsmitglieder sorgen sich, dann treffen Souma und Kureha jedoch auf ein merkwürdiges Mädchen mit Katzenohren namens Mao, die von einem Wolfswesen verfolgt wird. Mao ist in diese Welt gekommen, weil sie einen geflügelten Mann namens Zero sucht. Als Souma und Mao gegen das Wolfswesen kämpfen, wird Maos Spiegel zerstört und sie werden durch ein Chaos Gate nach End Earth gezogen.