In Hamburg Transit klären Kommissar Schlüter und sein Kollege Walter Hartmann Verbrechen auf, die im und rund um das Hamburger Hafengebiet geschehen. Weitere Ermittler sind Kommissar Castorp und Kommissar John. Im Unterschied zu den beiden Vorgängerserien kommen in "Hamburg Transit" manche Kriminalgeschichten völlig ohne Kommissare aus.