Im Jahre 2018 hat die Menschheit die Ozeane als Lebensraum erschlossen. Captain Nathan Bridger erhält den Auftrag, mit dem gigantischen U-Boot seaQuest für Frieden zwischen den verfeindeten Kolonien zu sorgen. Bridger steht ein Team hochkarätiger Wissenschaftler zur Seite. Bereits die erste Mission erweist sich als brandgefährlich: Eine ehemalige Schülerin Bridgers will die seaQuest mit einem Kampfboot zerstören.