Einst gehörte Joe Higan zu einem renommierten Ninja-Clan. Doch dann ließ er dieses Leben hinter sich und tauchte in einer ländlichen Umgebung in Amerika unter. Allerdings holt ihn eines Tages seine Vergangenheit ein und er muss hilflos zusehen, wie seine Familie vor seinen Augen getötet wird. Auch er selber wird für tot gehalten und nutzt diese Tatsache aus, um im Geheimen Rachepläne zu schmieden. Als „Ninja Kamui“ macht er sich auf die Suche nach jenen, die sein Leben zerstört haben. Eine blutige Zukunft liegt vor ihm, in der er sich mit zahllosen Feinden auseinandersetzen muss, bevor er dem wahren Verräter gegenüber treten kann – seinem früheren Clan.