Jesse jobbt im ozeanografischen Institut von Misty Island, das sich im Umwelt- und Gewässerschutz engagiert und als Auffangstation für kranke und verletzte Meerestiere dient. Jesse besitzt die außergewöhnliche Begabung, mit Willy und anderen Tieren zu sprechen. Daher sind er und sein Wal das ideale Bindeglied zwischen Mensch und der gefährdeten Natur. Mit der Hilfe von Jesse, Willy und ihren Freunden gelingt es der Crew von Misty Island, die bedrohte Flora und Fauna vor der Vernichtung durch den bösartigen Machine und seinen glibbrig-grünen Helfern zu bewahren. Der Bösewicht nimmt jede Umweltzerstörung in Kauf, um Willy, mit dem ihn eine alte Feindschaft verbindet, zu bekämpfen. Doch am Ende siegen immer wieder die Freundschaft, der Teamgeist und die Liebe zur Natur. Die 21-teilige Zeichentrickserie ist eine Fortsetzung der beiden Kinofilme „Free Willy“ und „Free Willy II“.