Weit weg, am Rande dieser Galaxie, fliehen Prinzessin Angelica und ihr Mentor Professor T. Bird vor der bösen Dunklen Königin und ihrer Bestienpolizei. Auf dem Spiel steht das magische Amulett der Prinzessin, das die Dunkle Königin zur absoluten Herrscherin des Universums machen wird – wenn sie es in die Hände bekommt. Nach der Landung in Oxnard, Kalifornien, findet T. Bird drei nerdige Teenager und verwandelt sie in Battletoads namens Zits, Rash und Pimple! Als mächtige, hippe, humanoide Helden mit Superkräften helfen sie dabei, die bösen Pläne der Dunklen Königin zu vereiteln.